三花猫又叫三色猫，因为决定黑色和橘色的基因是性联遗传位于X染色体上（白色基因在体染色体上），若是猫的基因在分化的时候随机去活性化，可能毛色细胞内黑色基因被去活性而表现出橘色，反之则呈现黑色，因此绝大部分三色猫都是雌性。在少数的例子里，因多出一个以上的X染色体（克兰费尔特氏综合症en:Klinefelter's syndrome）或嵌合体的情况会出现三色公猫，一般生殖能力较低。